Es el órgano permanente de gobierno, gestión, administración y dirección de la Asociación, que a su vez dirige, controla y aprueba todas las actividades de la misma. Su composición es proporcional a las secciones funcionales y en la actualidad se compone de 6 representantes de Entidades Locales, 4 representantes de Agentes Económicos, 2 representantes de Agentes Sociales y 2 de Agentes Culturales. Por normativa europea y nacional el peso del sector público en este órgano de decisión no puede ser superior a un 49% respecto del sector privado.
Composición de la Junta Directiva
Presidente: Oscar Izcara Moreno (en representación del C.I.T. de Covarrubias)
Vicepresidente: Antonio Sáez Escolar (en representación del Ayuntamiento de Pradoluengo)
Tesorero: Santiago Rojo Gutiérrez (en representación del Ayuntamiento de Pineda de la Sierra)
Vocales: Aurelio Andrés Blanco (en representación del Ayuntamiento de San Millán de Lara)
Jose Ignacio Colina (en representación del Ayuntamiento de Ibeas de Juarros), Andrés Rocandio Gómez (en representación del Ayuntamiento de Monterrubio de la Demanda), Laurentino Nieto Nieto (en representación del Ayuntamiento de Arlanzón), María Ángeles Bacigalupe Ventureira (en representación de Bapraba Inversiones S.A.), Rafael Ganzo Pérez (en representación de C.O.T.U.R.), Rodrigo del Val Vadillo (en representación de ASPANIAS), Raquel Contreras López (en representación de la Asociación Amigos de Pradoluengo) .
Secretario: José Alonso Alonso.